Prova ad usare CCleaner per la pulizia del registro se non l'hai già fatto...
Poi, tutti gli uninstaller dovrebbero essere archiviati circa qui:
C:\Programmi\InstallShield Installation Information\{C0698BDA-0D29-40EE-8570-A31106DF9AB1}
(è una cartella nascosta, devi attivarne la visualizzazione prima)
Non so se a questo punto ci saranno e ti funzioneranno ancora, al limite prova a cancellare anche questa cartella (magari facendo un backup, si sa mai :D) e vedere se dopo puoi reinstallare tutto.
Ah, vale solo per Med Base, per kingodoms devi andare nelle cartelle:
Americas--> {75983B66-804C-40D1-BA13-64DAF652A6F1}
Teutonic -->{7AEE1963-7001-4C37-BC20-2FAEB74AA41C}
Crusades--> {02A10468-2F1C-447C-AD8E-4DEDDEA25AE2}
Britannia -->{CEDDEE73-3D36-41C2-AA40-29355D9FBD63}
Qua, una guida in inglese sulla disinstallazione manuale :
shoguntotalwar.yuku.com/topic/24456